הילחמו באויבים כשאתם כובשים איזורים מלאי סכנה וחושפים את הסודות החבויים של האי. פגשו אויבים מהעולם של Super Mario כמו גומבות, צמחי פיראנה ועוד, וצרו קשר עם תושבי האי שיכולים לעזור ללינק בהרפתקה שלו. כל צינוק שתביסו יתן לכם חדרים מיוחדים (Dungeon Rooms), אותם תוכלו לארגן מחדש ולייצר צינוק חדש משלכם ב-Chamber Dungeon. מקמו את הכניסה לצינוק, חדר ה-Nightmare וכל מה שבאמצע במאמץ לסיים את המשימות ולהביס את הצינוק החדש.
בתור לינק, חקרו את אי קוהולינט ואיספו חפצים קסומים על מנת להעיר את דג הרוח
